Même si les souhaits ont été accomplis, ils ont engendré le malheur : , fanatique, s'est fait corrompre et manipuler par la force des ténèbres Zorc, et n'a jamais pu voir de son vivant son fils au trône. En bonus, elle peut rendre son détenteur invisible et plus sensible aux énergies que dégagent les objets du millénium. En combinant les trois Dieux égyptiens, Atem fait apparaître un être lumineux qui défait Zorc. Bataille-Ville Après le Royaume des Duellistes, Bonz entre dans , avec Sid et Zygor à ses côtés. Marik le donnera à son tour à Yugi à la fin du duel de finale.
À ce moment là, Yami Marik fit surface. C'est aussi le seul objet qui permet défusionner les âmes entre eux, dont celles des monstres gravés sur les tablettes. Et depuis cela, il n'a plus que l'idée d'obtenir le Puzzle de Millénium pour devenir le nouveau Pharaon, haïssant. Alors que Yûgi allait gagner le duel, Aigami réapparaît sous la forme d'un monstre, défiant Yûgi et Kaiba qui vont faire équipe. Après cela, Marik maîtrisa son double et Yami Marik fut la victime du Jeu des Ombres.
Bakura Ryo l'obtient en cadeau de son père qui revient d'un voyage en Égypte. Son pouvoir permettait de juger les fautes d'un individu. Aknadin voulait que son fils Seto devienne Pharaon à la place d'Atem, ce qui n'est pas possible dans la tradition. Tristan, voyant à la fin du Royaume des Duellistes le mal causé par l'anneau, il le jette dans les bois, mais Yami Bakura retrouvera l'anneau. Marik déclare forfait, expédiant son côté sombre dans les ténèbres éternels. Le Pharaon se libère de son côté maléfique en absorbant la puissance du grand Léviathan, libérant aussi Dartz de l'emprise de l'Orichalque.
Cependant, il peut ressortir endommagé par cette expérience. Jaden perdra mais promet qu'il aura sa revanche. Yûgi affronte ensuite Pegasus et le défait de façon spectaculaire, bien que celui-ci ait envoyé l'esprit du jeune garçon au royaume des ombres. Telle la balance de la justice, elle soumet l'individu à une épreuve : son âme va dans un poids de la balance, une plume sur l'autre plateau. Kaiba est malheureusement contraint d'affronter Yûgi pour pouvoir défier Pegasus et sauver son frère , capturé par ce dernier et dépossédé de son âme. Persévérant, Yugi prendra 8 ans pour le construire, et le jour où il a réussi a changé sa vie. Avec ça, Joey remporte la victoire, gagnant les quatre étoiles de Bonz.
Lorsque l'invasion se produit, les ennemis du royaume tombent nez à nez avec le Pharaon et ses 6 prêtres. Atem perdra et passera dans l'au-delà. Histoire Royaume des Duellistes Durant le Royaume des Duellistes, Bonz, et se sont alliés avec , le champion américain de Duel de monstres. Lui, Ishizu et Odion décidèrent de rester en Égypte. L'œil a le pouvoir d'emprisonner l'âme des individus dans des cartes. Lors du lancement du tournoi, Yûgi l'inaugure en affrontant Jacques Hunter, un pilleur de l'ombre qui a battu Jono-Uchi et lui a dérobé son Dragon Noir aux Yeux Rouges alors qu'il allait à l'hôpital pour passer la nuit auprès de sa petite sœur avant que cette dernière ne subisse son opération des yeux.
Après que le destin ait été modifié par l'intervention de la baguette millénaire, Ishizu donna son collier à Yugi. Yûgi le bat facilement et sera ensuite confronté à Arkana, le maître des magiciens, le battant également avec difficulté. Lorsqu'il s'est fait pour Namu, lors du tournoi de Bataille-Ville, il était vêtu d'un sweat à capuche sans manches de couleur mauve et d'un jean noir, d'une ceinture bleue avec une plaque dorée et des chaussures noirs. Enfin, il peut comme l'oeil enfermer l'esprit des personnes dans des objets. Comme le Puzzle, la Hache et l'oeil, il peut transporter le duel dans le Royaume des Ombres.
Dans l'Égypte antique, cet objet permet d'emprisonner et d'invoquer les monstres les plus puissants. Pendant ce temps, Sid et Zygor trouve , un ami de Yugi et ils croient une victoire facile. Artefact mystérieux, personne n'a réussi à élucider son mystère, jusqu'au jour où Yugi Muto reçu en cadeau le puzzle du millénium en pièces détachées. En effet, l'objectif de Marik est d'obtenir les trois cartes divines il est déjà en possession du Dragon ailé de Râ et le puzzle du millénium de Yûgi pour devenir le nouveau pharaon. Marik essaya d'appeler Ishizu mais Yami Marik l'en empêcha. Lors de ses voyages temporels, Yusei rencontre Jaden Yuki de la série Yu-Gi-Oh! Il bat Jono-Uchi dans un duel et oblige ce dernier à porter un costume de chien. La personne jugée se voyait subir la sanction.
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Après la défaite de Marik contre Yami Yugi, il lui remet sa baguette du millénium. Son usage a pour but de pénétrer dans la chambre de l'âme d'un individu, et en la modifiant, on peut même prendre le contrôle de quelqu'un. Aknadin n'a jamais dit au Pharaon que ce sacrifice était requis pour créer les objets : le souverain n'a jamais donné son accord, et lorsqu'il découvrit la vérité, il voulut faire acte de contrition et se sacrifier auprès des dieux égyptiens, pour que la malédiction n'atteigne pas le reste de sa famille. Le jeune homme combat Marik, parvient à permettre au bon Marik de récupérer son corps et d'envoyer son mauvais côté au royaume des ombres. Il admire beaucoup Bandit Ken, qui a promis de faire un champion de Bonz.
Il a des cheveux blonds longs, une peau mate et des yeux indigo. Cette clé a permis de savoir que dans Yugi résidait deux âmes. A l'intérieur, le possesseur de l'objet peut modifier à loisir l'âme qu'il explore. Zygor remarque qu'ils seraient fou d'accepter à parier cinq contre un, mais Bakura les rappelle que les finales sont proches, et personne d'entre eux a du temps pour gagner plus de cartes. Ken les promets qu'avec l'aide de son expertise, ils vont tous les quatre gagner les dix étoiles nécessaires pour entrer dans les finales du tournoi. Aussi il permettait de fusionner les pouvoirs des monstres entre eux dans le but de créer une entité plus puissante.